（連邦軍極東支部．阿卡馬艦上）
摩菈：咦？結城沙羅少尉………妳從禁閉室出來了呀？
沙羅：是的，這段期間給各位添麻煩了。
摩菈：哎呀，不要說什麼『添麻煩』這種見外的話啦，我們是『同伴』不是嗎？
（藤原忍來到一旁）
忍：喂，沙羅。
沙羅：忍…………
忍：以後……以後妳…………
忍：妳…………應該會以『獸戰機隊』的成員身份來參加戰鬥吧？
沙羅：……………
沙羅：我………會用我的態度跟行動來證明的。
忍：………………
忍：那就好。但是……如果…………
忍：如果………同樣的事情再發生的話………這次我真的會開火哦。
沙羅：……………
沙羅：如果真的如此的話，到時候該怎麼作就怎麼作吧。這樣子對大家都好。
忍：………………
沙羅：……………
摩菈：（呵……真是的，心裡想說什麼就直說嘛………）
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝
（沙也加跑進會議室）
沙也加：啊、甲兒！原來你在這裡啊？
甲兒：是沙也加啊？ 怎麼了嗎？
沙也加：是這樣的啦………最近難得回來日本一趟，你覺得我們要不要趁這個機會回光子力研究所一趟啊？
沙也加：或許爸爸他們已經研究出能夠對抗『會飛的機械獸』的對策了也說不定………
甲兒：說的也是。既然如此，那我現在就去跟布萊特艦長講一下吧。
（甲兒進入極東支部司令室找布萊特）
甲兒：布萊特艦長∼∼∼。
布萊特：甲兒、有什麼事嗎？
甲兒：是這樣子的，其實啊…………
（極東支部突然響起警報聲）
甲兒：呃？ 怎麼回事？ 有敵人出現嗎！？
連邦軍兵：報告長官！雷達發現有『不明物體』正在朝相模灣方向接近中！
岡長官：該物體的移動目標地點呢？
連邦軍兵：從方向來研判………對方的目標應該是箱根地區。
岡長官：什麼？ 箱根！？ 敵人的數量呢？
連邦軍兵：只有１隻！
岡長官：單體的敵人………目的地又是箱根………看樣子……『那個』終於出現了。
連邦軍兵：是…………應該是八九不離十了。
岡長官：快！快點依照當初的預定計畫，立刻用『Ｃａｓｅ．ＡＮＧＥＬ』的代號向沿岸部隊發出第１級警戒態勢！
岡長官：除此之外，再以東海地方為中心、然後向關東地區、以及中部地區發布『特別緊急事態宣言』！
連邦軍兵：是！
布萊特：長官，到底發生什麼事了？
岡長官：嗯……………
甲兒：難道……極東支部一直按兵不動在警戒著的敵人………就是這次出現的這一隻？
岡長官：沒錯………對方是被稱之為『使徒』的全人類之敵………
甲兒：全、全人類之敵！？
岡長官：布萊特中校，不好意思，在最壞的情況之下……屆時可能會需要隆德貝爾隊出擊也說不定………
布萊特：………………
選擇：今すぐ出擊する（現在立刻出擊）
命令があり次第、出擊する（等候岡長官的命令再出擊）
※選擇『命令があり次第、出擊する（等候岡長官的命令再出擊）』之後
布萊特：我知道了。那麼，隆德貝爾隊就以第１種戰鬥配備的狀態暫時待命。
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部，今天該基地的司令室彌漫著一股不安的氣氛………）
青葉：目標依然朝第２新東京市前進中！
日向：已經可以確認目標的影像了，現在立刻接到主螢幕上！
（主螢幕出現使徒的身影）
冬月：相隔１５年的再會啊…………
碇源堂：嗯，不會錯，那個確實是『使徒』。
碇源堂：該來的終究會來，這是我們人類無可避免的『試練』。
冬月：嗯，如今使徒再臨，那就代表『ＳＴＭＣ』也即將展開正式的活動了…………
碇源堂：一切的結束與開始………。然而，要演出這場戲碼的人……並不是他們。
冬月：嗯，說的也是。
碇源堂：總而言之，我們Ｎｅｒｖ必須擊退所有的使徒才行。
冬月：說穿了………一切都是為了替１５年前的『那個事件』收拾殘局………
青葉：東海沿岸的連邦軍部隊開始跟目標進行戰鬥了！
冬月：沒用的…………
碇源堂：………………
碇源堂：…………起動零號機。
冬月：什、什麼！？ 可是……零號機在之前的起動實驗當中已經………
律子（リツコ）：碇司令，被凍結的零號機發掘作業還沒有完成，現在就要即時起動零號機是不可能的！
碇源堂：使用炸藥也沒關係，現在立刻進行起動準備。
冬月：現在就起動零號機真的好嗎？ 目前對使徒的軍事指揮權還在連邦軍的手中呀。
碇源堂：岡長官絕對不會在內陸地區使用Ｎ２地雷，再過不久他就會把『對使徒指揮權』交給我們Ｎｅｒｖ了。
律子：零號機的駕駛員要由誰來擔任呢？
碇源堂：………………
碇源堂：………把綾波叫起來。
冬月：她還能夠『使用』嗎？
碇源堂：又不是死了，只要還活著就行。總而言之，在『預備駕駛員』抵達之前……先讓她去拖延時間吧。
律子：我知道了…………
律子：（………………）
律子：（葛城一尉………美里她到底在幹什麼啊………）
律子：（說什麼要自己去接『第三適格者』回來，結果搞到現在還沒出現………）
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝
（極東支部內部正為了如何對付使徒而忙得焦頭爛額）
連邦軍兵：目標依然健在！ 目前正朝第２新東京市前進中！
岡長官：可惡……航空隊的戰力還是阻擋不了使徒前進嗎！？
連邦軍兵：第４到第８大隊的損耗率已經超過７０％！！
岡長官：全軍出動！無論如何一定要消滅目標！！
連邦軍兵：還是不行！不管是飛彈還是轟炸爆擊都完全沒有效果！
甲兒：好………好厲害的傢伙啊………
連邦軍兵：目標已經侵入Ｄ地區！長官………看樣子只能使用Ｎ２地雷了………
岡長官：不行！附近還有其他城市在，不可以在內陸使用那個兵器！
連邦軍兵：可、可是…………
岡長官：布萊特中校，不好意思，可能要麻煩隆德貝爾隊出動了。
岡長官：擁有許多超級機器人的你們，或許可以把『使徒』打倒也說不定………
布萊特：我知道了。那麼，關於『使徒』的相關情報…………
岡長官：很遺憾………關於『使徒』的真面目、能力、來歷等等情報………目前我們完全一無所知。
布萊特：！！！！
岡長官：唯一可以確定的是，『使徒』的目的地是正在箱根地區建設當中的『第２新東京市』，請各位直接到該地進行迎擊吧。
布萊特：我知道了。
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部）
日向：連邦軍的損耗率超過９０％，殘存部隊已經開始撤退了。
日向：目標、依然朝本地前進中。
青葉：距離目標抵達本基地裝甲板上方的時間、還有５００秒。
冬月：看樣子連邦軍已經放棄了。
碇源堂：嗯。就算連邦軍使用ＥＯＴ兵器………要想『完全打倒使徒』仍然是不可能的。
碇源堂：全員進入第１種戰鬥配置。立刻準備對地迎擊戰！
冬月：零號機還要多久才能起動？
日向：還需要６２０秒。
冬月：２分鐘的時間差………迎擊系統有辦法在使徒的攻擊下撐２分鐘嗎？
碇源堂：既然『使徒』出現，那麼『監視者』跟『旁觀者』一定也會來………
碇源堂：如果順利的話，說不定他們可以替我們爭取到一點時間………
冬月：你真的覺得『他們』會來？
碇源堂：沒錯。為了確認使徒跟ＥＶＡ………他們一定會來。
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝
第１５話：使徒、襲來！
（美里在路上狂奔）
美里：糟糕………偏偏在這個節骨眼上迷了路……真是傷腦筋啊………
美里：要是再不快點找到真嗣的話，這樣子會對作戰造成危害的………
（碇真嗣在城市另一邊等待美里）
真嗣（シンジ）：奇怪……等了這麼久了，美里小姐怎麼還沒來啊？
真嗣：剛才聽到警報，城裡頭好像發布了『非常緊急事態宣言』的樣子。沒辦法……總之先到避難所去吧。
真嗣：（爸爸………你到底要我作什麼呢？）
真嗣：（明明就已經好幾年沒有理會過我了………為什麼現在才突然要來找我？）
（真嗣的附近發生爆炸）
真嗣：嗚啊啊∼∼∼∼∼！
（第三使徒．桑基耶爾出現）
真嗣：啊啊啊啊啊……………那、那個是什麼啊！？
（衝擊的阿爾貝魯特出現在使徒附近）
阿爾貝魯特：哦？那個就是『使徒』嗎？有意思………
阿爾貝魯特：而且……對『使徒』有興趣的人………好像還不只我們ＢＦ團而已……
阿爾貝魯特：既然如此，在『他們』還沒有出現之前，就讓我阿爾貝魯特來試試『使徒』的實力吧。
阿爾貝魯特：我倒想看一看………所謂的『使徒』是不是真如諸葛亮孔明所說的………是我們全人類之敵。
（操縱阿爾貝魯特攻擊第三使徒之後，玩家會發現阿爾貝魯特的攻擊無法穿透使徒的ＡＴ力場。）
阿爾貝魯特：哼，這隻怪物的身上好像有『某種強力的防護罩』在保護的樣子………
（阿爾貝魯特攻擊使徒的行動被Ｎｅｒｖ人員發現）
日向：這、這個是………？ 怎麼可能…………？
冬月：怎麼了？
日向：副司令……剛、剛才有人………有人以肉身直接去跟使徒對戰………
律子：怎麼可能會有那種事情！？ 你是不是看錯了？
日向：可是……從畫面上的影像來看，確實是這樣沒錯………
冬月：………碇。
碇源堂：嗯，能作出這種事情的人………除了『他們』之外沒有別人了。
冬月：結果是『旁觀者』先出現了啊………
碇源堂：來得正好，就讓『旁觀者』替我們拖延零號機的起動時間吧。
（第３回合開始時）
瑪雅（マヤ）：ＥＶＡ零號機、起動準備完成！
碇源堂：起動、開始。
律子：插入栓（エントリープラグ）、插入！
瑪雅：栓體固定、完成。第１次接續開始。插入栓注水中。
律子：主電源、全回路接續。
瑪雅：主電源接續完成。起動用系統執行中。運作電壓距離臨界點還有 0.5、0.2………突破！
律子：起動系統，進入第２階段。
瑪雅：駕駛員接合，全回路正常…………初期接觸沒有異常。
碇源堂：………………
瑪雅：距離『絕對境界線』還有 0.9、0.7、0.5、0.4、0.3………
冬月：（………上次的起動實驗就是進行到這裡而發生『脈衝逆流』的暴走意外………這次會成功嗎？）
瑪雅：Ａ１０神經接續、沒有異常。同步率誤差、0.3%。
律子：（……成功了………但是，這樣的狀態僅僅是『可以動』而已。雖然這樣已經是比上次的『暴走』還要來得強沒錯……但是能不能進行『戰鬥』就又是另外一回事了……）
瑪雅：雙方向回線、開啟。
律子：解除拘束具與安全裝置。
瑪雅：內部電源充電完畢，外部電源連接沒有異常。
瑪雅：ＥＶＡ零號機，已經運至射出口！
瑪雅：１１號通路準備，進路清空，出動準備完成！
碇源堂：ＥＶＡ零號機、出擊！
（零號機出現在第三使徒不遠處）
阿爾貝魯特：那個就是專門用來打倒『使徒』的人型兵器………『福音戰士』（エヴァンゲリオン）嗎……？
阿爾貝魯特：既然如此，看來我也應該進入Ｎｅｒｖ內部調查一下情報了。他們現在應該是已經忙得焦頭爛額了才對………
（阿爾貝魯特離開戰場）
律子：綾波，還可以嗎？
綾波玲：………是。
律子：最終安全裝置解除。福音戰士零號機、平台降下。
（正在避難中的真嗣發現福音戰士零號機）
真嗣：那、那台黃色的機器人是………！？
（此時的美里總算跟真嗣會合）
美里：抱歉！讓你久等了！
真嗣：葛城小姐！
美里：有什麼話待會兒再說，總之快點跟我來吧！
真嗣：好、好的………
（發現ＥＶＡ零號機出動的美里，此時她心裡大吃一驚……）
美里：（這……怎麼會這樣？………為什麼碇司令要讓ＥＶＡ零號機起動呢……？）
美里：（玲現在的身體狀況根本就沒辦法進行戰鬥………而且，零號機本身也有可能會像上次那樣暴走的呀………）
（戰鬥再開）
（第４回合，隆德貝爾隊登場增援）
冬月：碇，這次換連邦軍的援軍出現了………
碇源堂：………是那裡的部隊？
日向：正在比對資料中………
日向：報告司令，已經查出來了。對方是連邦軍極東支部所屬、第１３獨立外部部隊－－隆德貝爾。
冬月：哦？ 就是那個剛成立不久的特機混合部隊嘛？ 他們的戰力應該是可以期待的唷。
碇源堂：沒錯，他們正好可以為我們接下來的作戰拖延時間。
（隆德貝爾隊發現地圖下方的第三使徒）
布萊特：那個……就是『使徒』嗎？
甲兒：外表雖然有點像機械獸……但是看起來卻沒有什麼『機械』的感覺耶………
卡繆：真要說的話………這個敵人給我的感覺反而比較像『生物』………。
布里德：（使徒………對方是我們從來沒有見過的『異質之敵』………）
布里德：（而且……這種感覺是……？ 那個使徒好像是在『尋找』什麼東西似的………）
布里德：（不對………不可能。那種怪物不可能會有『意志』存在的。）
隼人：除了使徒之外，你們看－－還有那台黃色的……嗯？那個是機器人嗎？。
卡繆：確實很微妙………看起來有點像是『人類』。
多雷斯：布萊特艦長，特務機關Ｎｅｒｖ的碇司令有通信進來！
布萊特：特務機關Ｎｅｒｖ？
碇源堂：沒錯，Ｎｅｒｖ是以迎擊『使徒』為目的………並且由連邦政府所直轄的特務機構。
布萊特：迎擊使徒……？ 碇司令，所謂的『使徒』到底是什麼東西呢？
碇源堂：這個你們不需要知道！
布萊特：！！！
碇源堂：你們是打不倒使徒的，快點離開這裡吧。
（碇源堂切斷通信）
多雷斯：………對方切斷通信了。
布萊特：………………
豹馬：那個歐吉桑到底是怎麼回事啊？超討人厭的！
阿姆羅：布萊特，現在該怎麼辦？
布萊特：嗯……………
龍馬：Ｎｅｒｖ的意思該不會是………要用那架黃色的機器人去單打使徒吧？
甲兒：這太危險了吧？ 如果我們撤退的話，萬一那架黃色的機器人打不贏『使徒』怎麼辦？
布萊特：沒辦法了，全機出動！開始攻擊那個叫『使徒』的物體！！
（第５回合開始時）
真嗣：葛城小姐，那個怪物到底是什麼東西啊？這裡到底發生什麼事了？
美里：叫我美里就可以了。不用擔心，現在的情況比剛才好多了。
真嗣：是、是嗎……？
美里：沒錯。那個怪物的名字叫作『使徒』，是我們全人類的敵人。
真嗣：使徒…？全人類……的敵人？
美里：詳細的情形待會兒再說明，總之我們先到Ｎｅｒｖ本部去吧。
真嗣：Ｎｅｒｖ？
美里：是的，Ｎｅｒｖ是直屬於連邦政府的非公開機構，而我就是那裡的所屬人員。
真嗣：我的父親也在那裡嗎？
美里：是的，你知道你父親的工作是什麼嗎？
真嗣：聽老師說……好像是保護人類的重要工作之類的………
真嗣：我們現在……要去爸爸那裡嗎？
美里：是沒錯…………
真嗣：爸爸他………找我有事嗎？
美里：…………………
真嗣：一定是有的吧……不然的話，他也不會專程寫信給我………
真嗣：反正………他跟我也沒有什麼話好說………
美里：原來如此，你不習慣面對自己的父親吧？
真嗣：…………………
美里：我也是。
真嗣：呃？
美里：好了，我們快走吧，趁玲還有辦法為我們拖延時間的時候，我們得趕快回本部才行。
美里：（玲，拜託妳了，再多撐一會兒………）
（戰鬥再開）
（第５回合下半，地圖左上角會出現『エアロゲイター』的蟲型偵察機。）
冬月：哦？『監視者』終於出現了………
碇源堂：這是當然，他們絕對不會錯過這個機會的。
冬月：就這樣放著不管真的可以嗎？
碇源堂：沒有關係，要看就讓他們看吧。
（多雷斯也在雷達上發現『エアロゲイター』）
多雷斯：艦長！在我軍後方發現エアロゲイター的蟲型偵察機！
布萊特：什麼！？ 為什麼エアロゲイター的機體會出現在這裡……？
多雷斯：對方看起來並沒有攻擊我們的意思。
布萊特：他們……在偵察這場戰鬥？
阿姆羅：我們現在沒辦法分心去注意エアロゲイター，總而言之，先全力把『使徒』打倒再說吧。
（第６回合開始時）
律子：碇司令，已經跟葛城一尉取得連繫了，『第３適格者』已經順利確保。
碇源堂：是嗎……………
（此時ＥＶＡ零號機突然出現異狀）
綾波玲：……………！？
龍馬：嗯？怎麼回事？那台黃色機器人的樣子好像怪怪的…………
瑪雅：綾波玲的脈搏、血壓雙雙降低，Ａ１０神經同步值５％！胸口蹆合處開始出血！！
碇源堂：…………………
布里德：（奇怪………這種不安的感覺是什麼？）
（ＥＶＡ零號機出現嚴重警報）
瑪雅：糟了！『脈衝逆流現象』出現！！
律子：！！！！！
瑪雅：制御神經斷線！同步率曲線開始反轉！
律子：立刻切斷回路、阻止脈衝繼續逆流！
瑪雅：不行、零號機已經不接受任何信號了！ＥＶＡ零號機、控制不能！
（零號機出現極為痛苦的肢體表情）
胡索：怎、怎麼回事？那台機器人好像很痛苦的樣子………
冬月：果然還是不行嗎………？
碇源堂：切斷零號機的電源，然後從１７１號通路進行高速回收。
瑪雅：了、了解！現在開始回收ＥＶＡ零號機！
（零號機離開戰場）
甲兒：怎麼搞的？那台機器人竟然掉到地底去了………
阿姆羅：先別管那台機器人了，現在先以打倒『使徒』為最優先！
（零號機撤退後，エアロゲイター也跟著撤退了）
冬月：『監視者』也離開了………。碇、現在怎麼辦？
碇源堂：沒有問題，我們手上還有另外一名預備駕駛員。
碇源堂：接下來………就看隆德貝爾隊的表現了………
（打倒第三使徒之後）
甲兒：成功了！
卡繆：等一等，『使徒』的樣子有點奇怪！！
響洸：什、什麼！？
（被打倒的第三使徒又再度復活、而且臉部還分裂成兩個）
布萊特：怎、怎麼可能？剛才明明就已經打倒了………
甲兒：怪、怪物…………
阿姆羅：『使徒』……會再生！？
（第三使徒的變化完全在冬月跟碇源堂的掌握之中）
冬月：跟先前預測的一樣，『使徒』果然會進行『自我修復』………
碇源堂：以一個『單獨作戰兵器』來說，這是必備的能力………
冬月：………不僅如此，『使徒』還有可能會進行『機能增幅』。
碇源堂：擁有『自我修復』、以及『能力再強化』機能的使徒………它本身應該也具有相當程度的『智慧』才對。
碇源堂：第三使徒的再度進攻………只是時間早晚的問題。
日向：碇司令、隆德貝爾隊有通信進入！
碇源堂：不用接過來了，叫他們立刻撤退。
日向：了解。
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部）
青葉：目標仍然沒有變化。
日向：迎擊系統，正常運作率７﹒５％
青葉：除了隆德貝爾隊之外，其他的連邦軍部隊都已經撤收。
冬月：面對使徒……連邦軍也只能舉雙手投降啊………
瑪雅：零號機回收完畢。駕駛員重傷，內臟損傷嚴重。
冬月：連零號機也沒辦法起動了………碇、現在該怎麼辦？
碇源堂：時間還很充分，這次換初號機起動。
冬月：初號機？可是……我們已經沒有駕駛員可以使用了呀。
碇源堂：沒有問題，剛才已經有一個『預備駕駛員』抵達了。
冬月：……………
碇源堂：冬月，這邊暫時交給你指揮。
（碇源堂離開司令室）
冬月：……………
冬月：相隔三年的父子再會………嗎……？
日向：副司令、目標開始移動了！
冬月：好，初號機隨時都會出擊，全體人員立刻進入第一級戰鬥配置！ 對地迎擊戰、準備開始！
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝
（阿卡馬艦上）
多雷斯：布萊特艦長！使徒開始行動了！
布萊特：Ｎｅｒｖ的回應呢？
多雷斯：對方要我們立刻撤退。
布萊特：什麼？撤退……？
布萊特：使徒明明就要展開第二波攻勢了，為什麼他們還………
布萊特：Ｎｅｒｖ到底想要作什麼……？
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝本關結束＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝