（美里帶著碇真嗣進入Ｎｅｒｖ本部，但是美里這個大路痴竟然在基地裡頭迷路了……）
真嗣：………………
美里：呃……不好意思啦，Ｎｅｒｖ內部的通路我還不太熟悉，我印象中好像是往這邊走………
真嗣：這裡……剛才就走過了………
美里：呃…………＠＠||||||||
（很幸運的，律子正好碰上美里跟真嗣）
律子：葛城一尉，妳到底在搞什麼鬼啊？
美里：哎呀……這不是律子嗎？
律子：我真的是服了妳了，妳一定又迷路了對吧？ 拜託妳幫幫忙好不好…………我們現在可是既沒人、而且也沒有時間了呀！
美里：對、對不起嘛…………
律子：………他就是『那個少年』嗎？
真嗣：………………
美里：對，他就是報告書上所說的『第三適格者』。
律子：你好，我是Ｅ計劃擔當博士－－赤木律子，請多指教。
真嗣：啊……好的…………
美里：律子，碇司令為什麼要讓零號機出擊？ 司令難道不知道會發生剛才那樣的結果嗎？
律子：他當然知道。說穿了，零號機只是要拖延時間而已。這一切……都是為了讓你們能夠順利來到此地………
美里：………………
美里：使徒方面的情況呢？
律子：連邦軍的部隊曾經一度打倒了使徒。但是………因為使徒只有『表層部』受到損傷，因此使徒目前仍然是在活動當中……
美里：這麼說來，使徒的身上果然擁有『ＡＴ力場』………
律子：不僅如此，根據ＭＡＧＩ系統的分析，這個『使徒』還是一隻擁有智慧的巨大生命體。
美里：也就是說…………
律子：是的，跟我們的ＥＶＡ一樣。
美里：……………
美里：不過話又說回來………想不到現在的連邦軍竟然還有部隊能夠跟『使徒』相互匹敵啊。
美里：如果是傳聞中的ＳＤＦ倒也就罷了………真是令人不敢相信……
律子：那支部隊是『特機』………也就是俗稱的超級機器人混合軍團，裡頭還包含了ＳＲＸ計劃的機體唷。
美里：原來如此……是ＳＲＸ計劃啊………。的確，如果是那個計劃所開發出來的機體的話，其能力確實是有辦法跟使徒互鬥………
律子：而且根據謠傳，ＳＲＸ計劃好像已經開發出『足以打倒使徒跟ＥＶＡ』的超強力人型兵器的樣子………只是不知道這個謠言的可信度到底有多少就是了………
美里：也罷，如果真的有的話，總有一天我們一定會看到的。那麼……初號機現在的情況如何？
律子：初號機正以Ｂ型裝備的狀態進行冷卻中。
美里：那台機器人真的能夠動嗎？ 到目前為止，我們連一次起動實驗都沒有作過耶………
律子：按照０９系統的計算結果，目前成功起動初號機的機率……大約是０﹒００００００００１％。
美里：換句話說就是無法起動嘛………
律子：妳這樣講未免太失禮了吧？ 機率的數字又不是０％…………
真嗣：………………
（律子帶著真嗣來到初號機的格納庫）
律子：真嗣，就是這裡了。
真嗣：！？ 臉……？ 這是……巨大機器人！？
律子：這個是究極的汎用人型兵器－－福音戰士。你現在看到的機體是福音戰士系列的初號機。
律子：當然，這台機器人是在極機密的情況下建造的，同時它也是我們人類最後的王牌。
真嗣：………這個就是爸爸正在作的工作嗎？
（碇源堂出現在真嗣背後的高處房間當中）
碇源堂：沒錯。
真嗣：！！！
碇源堂：好久不見了。
真嗣：爸爸…………
碇源堂：呵…………（冷笑）
碇源堂：準備出擊。
美里：出擊！？ 可是零號機剛剛才………難道這次要換初號機嗎？
律子：只剩下這個辦法了。
美里：可是！玲已經沒有辦法戰鬥了呀！現在要到那裡去找駕駛員啊！？
律子：………這裡就有一個。
美里：………律子……拜託妳……告訴我妳不是認真的………
律子：………………
律子：真嗣。
真嗣：是………
律子：這台機器人是要給你駕駛的。
真嗣：呃！？
美里：律子！這太勉強了！當初玲可是花了整整７個月才有辦法跟ＥＶＡ進行『同調』（シンクロ）的呀！
律子：真嗣只要能坐上去就好了。其他的事情我們不敢奢望太多。
美里：可是！
律子：美里，現在一切以『擊退使徒』為最優先。為了達成這一點，目前任何有可能跟ＥＶＡ進行同調的人……我們都必須冒險讓他出擊。
美里：………………
律子：葛城一尉，這點妳應該很清楚才對。
美里：話是這樣講沒錯啦………
（真嗣面向碇源堂）
真嗣：爸爸………你為什麼要叫我來這裡？
碇源堂：跟你心裡所想的一樣。
真嗣：那麼，你是要我搭乘這台機器人、然後去跟『使徒』戰鬥囉？
碇源堂：沒錯。
真嗣：我不要！現在才來找我有什麼用！明明就是你把我丟著不管的，你根本就不需要我嘛！
碇源堂：現在就是因為需要你、所以才會叫你過來。
真嗣：為什麼是我………？
碇源堂：因為其他人作不到。
真嗣：不可能啦、像這種從來沒有聽過、從來沒有看過的東西……我怎麼可能作得到嘛！
碇源堂：去聽說明。
真嗣：我不會去聽什麼說明……我也不會去駕駛這台機器人！
碇源堂：……除了你之外沒有人可以操縱初號機，如果你不作的話，人類就會滅亡。
真嗣：那個跟我沒有關係！
碇源堂：要就快點。不然的話………就滾回去！！
真嗣：！！
（格納庫上方出現爆炸震動）
碇源堂：可惡傢伙……它注意到這裡了。
律子：真嗣，已經沒有時間了。
真嗣：………………
美里：真嗣，快點坐上去吧。
真嗣：我不要！那有這種事情的！這根本就不可能作到嘛！
美里：真嗣………你好好想一想……你到底是為了什麼才跟我來到這裡？
美里：逃避是不行的！你不能逃避自己的父親………你也不能逃避你自己！
真嗣：這個我也知道！但是作不到的事情還是作不到呀！！
（格納庫再度因為爆炸而震動）
碇源堂：……………
碇源堂：把玲叫起來，讓她再駕駛初號機出擊一次。
美里：！！！！
律子（面向工作人員）：快！快點把初號機的系統資料改為綾波玲、然後開始起動準備。
真嗣：（我………果然是不被需要的人………）
美里：………………
美里：綾波玲到了。
（全身包滿繃帶的綾波玲被醫療人員連人帶床推到格納庫）
碇源堂：玲…………
綾波：是……………
碇源堂：預備駕駛員不能用了，再一次吧。
綾波：是……………
真嗣：…………！！！
真嗣：（這……這個女孩子是駕駛員？ 而且她還受了這麼嚴重的傷………）
綾波：嗚……嗚呃………
真嗣：（都傷成那個樣子了，她還要駕駛那台機器人？ 反觀我………我………）
真嗣：……………………
選項：ＥＶＡ初號機に乘る（駕駛ＥＶＡ初號機）
ＥＶＡ初號機に乘らない（不駕駛ＥＶＡ初號機）
※選擇『ＥＶＡ初號機に乘る（駕駛ＥＶＡ初號機）』之後
真嗣：我……………
（格納庫再度發生爆炸，此時一支巨大的鋼樑突然掉落下來）
綾波：啊啊啊∼∼！！
美里：啊！危險！！！
真嗣：嗚啊啊啊啊∼∼∼∼！！！
（不可思議的事情發生了，因為無人駕駛的初號機竟然伸出了右手、並且替真嗣擋下了掉落的鋼樑。）
美里：什、什麼………？
美里：ＥＶＡ動了……？ 而且……是在右手還裝著拘束具的狀況下………
碇源堂：……………
碇源堂：呵…………（冷笑）
律子：怎麼可能會有這種事？ 不可能的！連插入栓都沒有插入的初號機應該是不會動的呀！
美里：明明沒有『連結介面』但卻有反應………難道說………是初號機自己本身想要保護真嗣的嗎？
美里：………………
美里：………起動……會成功！
真嗣：妳、妳沒事吧？
綾波：嗚、嗚嗚………………
真嗣：（這是………血？）
綾波：嗚呃………………
真嗣：！！！
真嗣：（不能逃避、不能逃避、不能逃避、不能逃避啊……！！！）
真嗣：好！我作！就讓我來駕駛吧！
＝＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝＝
第１６話：咆哮、ＥＶＡ初號機！
（隆德貝爾隊出現在第２新東京市）
布萊特：沒辦法，只好由我們出面再打倒使徒一次了。
胡索：可是，那個使徒或許還會繼續『再生』也說不定。這樣一來，就算我們出擊也只是白白消耗戰力而已………
響洸：不，我們的攻擊對『使徒』還是有效的。如果再把它打倒一次的話，這次應該是可以把『使徒』給完全打倒。
多雷斯：布萊特艦長，Ｎｅｒｖ有緊急通信進入！
布萊特：內容是什麼？
多雷斯：對方以『連邦軍特別權限命令．Ｓ－１１１』要求我們離開…………
布萊特：什麼？Ｓ－１１１命令？
神宮寺：那是什麼東西啊？
史萊卡：簡單的說，就是『最重要．最優先命令』的意思。
克瓦多羅：即使在連邦軍的內部，目前也只有極少數的將官有『Ｓ－１１１』的命令發布權。
神宮寺：也就是說………那個Ｎｅｒｖ就是那些『極少數人員』的其中之一………
艾瑪：布萊特艦長，第２新東京市好像有什麼動靜………
（ＥＶＡ初號機出擊）
瑪貝特：又、又是白天那台機器人…………
浦木：不……跟白天那架相比，這台的顏色跟形狀都明顯不同………
美里：碇司令，這樣真的可以嗎？
碇司令：當然。不打倒使徒的話，我們人類就沒有未來。
冬月：碇………你是認真的嗎？
（碇源堂露出了詭異的微笑……）
美里：（真嗣……你一定要活著回來啊………）
真嗣：……………
美里：真嗣，準備好了嗎？
真嗣：好、好了！
美里：最終安全裝置解除！福音戰士初號機、平台降下！
律子：真嗣，你現在只要想『走』這個念頭就行了。
真嗣：（走………）
（初號機向前踏出了一步）
律子：成功了！真的走了！
真嗣：走…………
美里：真嗣，冷靜一點，先仔細看敵人的動作！
美里：還有一點，因為ＥＶＡ是依靠『臍帶電纜』（アンビリカルケーブル）連接電源大樓來取得電力的，所以在移動格數上有一定的限制。
美里：當ＥＶＡ連結『臍帶電纜』時，ＥＶＡ最大只有１０格的移動範圍。
美里：如果你想移動到１０格以外的區域的話，你必須先選擇『切斷』指令將電纜砍掉、然後再移動到其他電源大樓旁邊接續電力。
美里：當你抵達電源大樓旁邊時，指令欄裡頭就會增加『接續』這個新指令。
真嗣：我、我知道了。
美里：有一點要特別注意，當你切斷臍帶電纜之後，ＥＶＡ就會自動使用內藏的電源，此時ＥＶＡ的ＥＮ消耗量會比平常的時候還要劇烈。
美里：一旦ＥＶＡ的ＥＮ變成０時，ＥＶＡ就會因為『行動不能』而被強制回收，這點你一定要特別小心！
真嗣：是、是的！
（戰鬥開始）
（當初號機的ＨＰ減少到一半以下時）
瑪雅：ＥＶＡ初號機、左臂損傷、回路斷線！
真嗣：嗚啊啊啊∼∼∼我的手……我的左手……！
美里：真嗣！冷靜點，那個不是你的手啊！
真嗣：嗚呃………可、可惡啊………
律子：裝甲快撐不住了！
（當初號機被第三使徒打倒時………）
青葉：初號機頭部、遭到貫穿破損，損害狀態不明！
美里：其他方面的狀況呢？
瑪雅：同步率曲線反轉，脈衝開始逆流了！
律子：切斷回路、阻止脈衝繼續逆流！
瑪雅：不行！出現拒絕信號、訊號無法傳輸！
美里：真嗣情況如何？
日向：螢幕沒有反應，駕駛員生死不明！
青葉：初號機、完全沈默！
律子：美里！
美里：沒辦法了………作戰中止！現在以保護駕駛員為最優先，快點把插入栓強制射出吧！
瑪雅：還是不行！這邊已經完全無法控制初號機了！
美里：什麼！？ 無法控制！？
（就在這個時候，初號機突然發出一聲尖銳的怒吼！）
青葉：這……這是怎麼回事？ 初號機、再起動！
瑪雅：怎麼可能……初號機明明不可能再行動了呀？
美里：（難道是………）
律子：這是………暴走！？
初號機：嗚哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼
冬月：贏了……………
碇源堂：嗯……………
青葉：初號機左臂、復原！
美里：好、好厲害………
瑪雅：初號機展開ＡＴ力場、並且開始中和『位相空間』了！
律子：不……不是中和，而是『侵蝕』………
（暴走的初號機立刻以驚人的力量將第三使徒打倒）
律子：那個就是………ＥＶＡ的真正姿態………
（初號機的暴走讓隆德貝爾隊眾人看得目瞪口呆……）
甲兒：那……那台機器人到底是什麼鬼玩意兒啊？
豹馬：好厲害啊………
響洸：（這……這種感覺是什麼？ 萊汀的力量……好像在逆流的樣子……萊汀在提防那台機器人嗎？）
浦木：被打倒一次之後……攻擊力反而暴增好幾倍………這到底是什麼原因……？
布里德：大概是………暴走吧。
浦木：暴走？可是……照理說一般的機器人應該是會出現『系統停機』的現象才對……
卡繆：嗯，我也是這麼覺得。這代表那台機器人絕對不是『普通的機體』。
阿姆羅：沒錯……那個是……暴走。
克瓦多羅：也就是說，那台機體是具有『暴走』特性的兵器…………
布萊特：………………
布萊特：……我們回極東支部吧。
阿姆羅：這樣真的好嗎？
布萊特：嗯，既然Ｎｅｒｖ有辦法掌握全局，那我們再繼續留在這裡也沒有什麼意義，這裡就交給Ｎｅｒｖ來處理吧。
（阿爾貝魯特出現在初號機附近）
阿爾貝魯特：哼，看樣子……那台ＥＶＡ應該就是Ｎｅｒｖ的『終極王牌』了。
阿爾貝魯特：很好，不枉我這個『十傑集之一』親自跑一趟，這次獲得的情報確實很有價值。
阿爾貝魯特：總而言之，『ＳＥＥＬＥ』那幾個老人的目的……我大致上已經瞭解了。至於隆德貝爾隊的實力也在我的掌握之中，接下來就看諸葛亮孔明那個傢伙怎麼安排了…………
（阿爾貝魯特離開戰場，同時本關也告結束）
＝＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝＝
（成功擊退使徒後，Ｎｅｒｖ本部緊急回收了初號機。）
瑪雅：初號機與駕駛員確認存活，回收班與急救班已經出動了。
美里：總算……打贏了。
律子：嗯………只不過我們的損失也很大就是了。
美里：真嗣他還好吧？
瑪雅：雖然暫時失去意識，但並沒有明顯的外傷。
美里：有『精神汙染』的危險性嗎？
律子：這個倒不用擔心。只不過……剛才那一戰多少會對真嗣的腦神經造成一點負擔就是了……
美里：是嗎………這也是沒辦法的事情，畢竟真嗣是突然、而且第一次駕駛ＥＶＡ戰鬥嘛………
美里：咦？ 司令跟副司令呢？ 怎麼沒看到人啊？
律子：…………………
＝＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝＝
（神祕的組織－－『ＳＥＥＬＥ』正在召開祕密會議）
基爾（キール）：使徒再臨嗎……？ 這次的出現實在有點唐突啊………而且事前完全沒有任何徵兆，就像１５年前的那場災難一樣………
碇源堂：…………………
聲音１：可是話又說回來，你們Ｎｅｒｖ跟ＥＶＡ難道就不能再爭氣一點嗎？
聲音１：繼零號機之後，你們又在戰鬥中把初號機給搞壞了。這兩台機體的修理費………可是足以讓一個國家為之破產的呀………
碇源堂：…………………
聲音２：父親要送『玩具』給兒子玩是可以………但是……如果『父親』忘了『自己該作的事情』的話……我們可是會很傷腦筋的………
碇源堂：…………………
基爾：人類補完計劃………這件事情才是你的當務之急。
基爾：對我們而言………這個計劃才是當今這種『絕望狀況』之下的『唯一希望』。
碇源堂：我知道。
基爾：總而言之，計劃的『行程』絕對不能因為『使徒再臨』而有所延誤。此外………關於情報操作方面，你們那邊作得如何了？
碇源堂：請放心，這方面我們已經處理完畢了。
聲音３：碇………我們不是在問你『對於一般民間社會』的情報操作。
聲音４：我們想問的是－－你要如何處理有關『監視者』與『旁觀者』的事情？
碇源堂：我認為……讓他們取得自己想要的情報也算是處置的方法之一。
聲音１：………………
聲音２：………………
聲音３：………………
聲音４：………………
基爾：碇，『他們』手上所擁有的情報量……很有可能跟『死海文書』的記載同等。在這種情況下，你這樣作………
碇源堂：根據死海文書的記載，『被還原的卵』只有一個。『他們』一定是因為自己沒有『那個東西』，所以『他們』才會出現在這裡的吧………
基爾：這個我知道。就是因為如此，所以『他們』才會千方百計的想要知道我們的計劃。結果你竟然還讓他們予取予求的獲得情報，這實在是太危險了！
碇源堂：『那把槍』的打撈工作即將完成。只要取得『那把槍』的話，一切就不會有問題。
基爾：………………
碇源堂：更何況，只要我們把ＥＶＡ分派到隆德貝爾隊上，這樣一來就可以引開使徒的注意了。
碇源堂：而且，我認為隆德貝爾隊接觸到『行程』當中所記載的『ＳＴＭＣ』的可能性也很高………
聲音１：碇，我們建造ＥＶＡ的目的可不是為了跟『ＳＴＭＣ』戰鬥啊。
碇源堂：……………
聲音１：我再強調一次，計劃的『行程』絕對不能因為『使徒再臨』而有所延誤。至於預算的問題……先暫時讓我們考慮一下吧………
碇源堂：……………
基爾：碇………我們已經沒辦法回頭了。
碇源堂：……………
碇源堂：（我知道………人類已經沒有時間了………）
＝＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝＝＝
（開完會議後，碇源堂回到Ｎｅｒｖ本部）
冬月：委員會的人怎麼說？
碇源堂：那些老人對我們有所警戒，他們擔心我們會刻意延誤『行程』。
冬月：這也是沒辦法的事情。既然如此，今後我們對ＳＥＥＬＥ也要注意一點才行了。
碇源堂：相關的防範措施已經作好了。
冬月：哦？ 是ＤＣ？ 還是ＳＤＦ呢？
碇源堂：兩邊都有。
冬月：原來如此……你打算『以毒攻毒』是嗎？
碇源堂：沒錯……而且是毒性非常強的猛毒………
冬月：但是那兩個猛毒………白河愁跟英格蘭姆也有可能會反咬我們一口啊………
碇源堂：不用擔心。對他們而言，使徒跟ＥＶＡ都是他們必須要利用的對象。
碇源堂：就算他們有心想要對付我們………但是未來他們仍然會需要我們的協助。在這種情況之下，相信他們一定不敢輕舉妄動才對………
冬月：儘管如此，但是他們兩人說不定比ＳＥＥＬＥ還要危險………
碇源堂：………………
碇源堂：『貳號機』跟『那個樣本』的情況如何？
註：碇源堂口中的『那個樣本』，指的是『亞當之卵』。
冬月：那兩個東西昨天已經跟『第二適格者』一起從德國出發了，預計一個禮拜之後就可以抵達南阿塔里亞島。
冬月：接下來……就要看我們的安排能不能瞞過使徒跟ＳＥＥＬＥ的眼睛了。
碇源堂：嗯，隆德貝爾方面的調派工作也已經完成了。
碇源堂：等到時機成熟之後……我看就把ＥＶＡ系列直接派遣到隆德貝爾隊上面去吧。
冬月：可是這樣一來……這裡的防衛不就………
碇源堂：放心，只要有『朗基努斯之槍』在手……這方面就不成問題。
碇源堂：更何況………使徒應該會把目標鎖定在『那個樣本』上的………
冬月：……………
冬月：（隆德貝爾……他們真的有辦法把『預警的鈴鐺』順利掛在『天使』與『惡魔』的脖子上嗎……？）
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝本關結束＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝