（Ｎｅｒｖ本部．ＥＶＡ格納庫……今天突然發生了『嚴重的事態』……）
（格納庫警報聲大作）
律子：怎麼回事？ 為什麼不把初號機的插入栓拿出來呢？
瑪雅：不行、初號機的連動回路被切斷了，現在的初號機無法接受插入栓的射出指令。
美里：真嗣……………
日向：真嗣君、你聽我說啊！ 當時如果不使用『ＤＵＭＭＹ系統』的話，你會被暴走的ＥＶＡ３號機……不！ 是會被『使徒』幹掉的呀！！
真嗣：問題不是在那裡………
日向：真嗣、我說的是事實啊！ 更何況、當時我們根本無法預測『真蓋特』會突然出現、而且我們也不知道『真蓋特』會擁有『可以消滅使徒的力量』的嘛……
日向：所以不管怎麼看、既然ＥＶＡ３號機已經被『使徒』侵入了……那麼……我們也只能用『ＤＵＭＭＹ系統』來讓初號機………
真嗣：………………
真嗣：……如果龍馬先生他們的『真蓋特』沒有出現的話………冬二他或許就會被我殺死了……
日向：可是、那也是沒辦………
真嗣：請不要再說那些『會讓我更加生氣』的話了………
真嗣：現在初號機還有１８５秒的時間可以行動……這些時間已經夠我把Ｎｅｒｖ本部破壞一大半了！！ （憤怒）
美里：！！！！！！
青葉：不妙……現在的真嗣……他真的會動手唷……
瑪雅：真嗣君、你聽我說！ 碇司令的判斷並沒有錯、當時如果不這樣作的話，大家說不定都會死的！
真嗣：我剛才已經講過了！ 問題不是在那裡！！！
瑪雅：！！
真嗣：爸爸他……他想把冬二……他想用我的雙手………把坐在ＥＶＡ３號機裡頭的冬二殺掉啊！
碇源堂：（………………………）
真嗣：爸爸、你有在聽對吧？ 你倒是說話呀！？ 回答我呀！？
真嗣：為什麼一定要讓冬二去駕駛ＥＶＡ３號機？
碇源堂：（………………………）
真嗣：為什麼一定要由我去破壞被使徒侵入的３號機！？
碇源堂：（………………………）
碇源堂：………把ＬＣＬ的壓縮濃度提高到極限。
瑪雅：呃……？
碇源堂：我們沒有時間陪小孩子鬧彆扭…………
（瑪雅將ＬＣＬ壓縮濃度調到極限）
真嗣：呃！？
真嗣：還、還有其他回路沒有切斷嗎！？ 可……可惡！！
真嗣：咕哇……！？ 可惡……可惡啊啊啊啊啊∼∼！！！
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（第二新東京市．市區）
明日香：這次說不定真的不行了……那個白痴一定振作不起來了。
綾波：妳說的是真嗣嗎？
明日香：那還用說？ 雖然他的身體沒有受傷，但是他的心理打擊一定是很大的。
綾波：………………
明日香：雖然受到甲兒跟豹馬那群『熱血體育系傻瓜』的影響、真嗣的個性是有比較堅強了一點沒錯………
明日香：但是恐怕還沒有堅強到……足以承受這次的打擊啊………
綾波：妳在擔心真嗣嗎？
明日香：妳、妳在胡說八道些什麼啊！？ 我怎麼會擔心真嗣那個白痴呢！！
綾波：………………
明日香：……………
明日香：擔、擔心多少是會啦………雖然真嗣確實是個白痴、但我們好歹也一起戰鬥過……
明日香：只、只是『好歹』而已哦！ 妳可千萬不要給我誤會了、聽到了沒有！？
綾波：………………
明日香：……………
明日香：不過仔細想想也真是稀奇耶，妳這個傢伙竟然也會關心別人………
綾波：是嗎…………？
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．司令室）
碇源堂：違反命令……私佔ＥＶＡ………還有幼稚的恐嚇………
碇源堂：這些全部都是犯罪的行為，你還有什麼話說？
真嗣：我也不想再繼續待在這裡了！（憤怒）
碇源堂：………那你就滾吧。
真嗣：不用你說、我也會這樣作的。（憤怒）
碇源堂：（…………………）
碇源堂：………你又想逃避了嗎？
真嗣：…………………
真嗣：…………………
真嗣：………這算『逃』嗎？
碇源堂：（…………………）
真嗣：……我還有地方可以『逃』嗎？ 現在的人類還有地方可以『逃』嗎？
碇源堂：（…………………）
真嗣：我不是要『逃』、而是要『回去』。我要回隆德貝爾隊………
碇源堂：（…………………）
真嗣：就算沒有ＥＶＡ可以駕駛、我也要回隆德貝爾隊繼續跟大家一起戰鬥！
碇源堂：你以為你有辦法『回去』隆德貝爾隊嗎………？
真嗣：你想阻止那是你家的事！
碇源堂：（…………………）
真嗣：託你的福……我已經不是以前的我了！
真嗣：這一切………都是拜你對冬二見死不救所賜！！
碇源堂：…………………
（銬上手銬的真嗣被警衛帶走）
碇源堂：…………………
（碇源堂拿起電話）
碇源堂：………是我、把第三適任者的資料刪除。
碇源堂：從現在起，初號機的專屬駕駛員改用『ＤＵＭＭＹ系統』、系統數據就用綾波的資料吧。
（就在此時，破嵐萬丈突然不請自來的出現在司令室）
萬丈：碇司令……真嗣君的駕駛員資料刪除一事……也是在你的計劃當中的嗎？
碇源堂：………………………！
碇源堂：真虧你有辦法在『沒有獲得許可』的情況之下來到這裡啊……破嵐萬丈……
萬丈：過獎過獎……其實我本身呢……我也是儘可能的不想到這裡來的……
碇源堂：………有什麼事嗎？
萬丈：我是來問你……『為什麼要把ＥＶＡ配屬到馬克羅斯上面』的這件事的……
碇源堂：（…………………）
萬丈：根據你們的說法………好像是為了測試ＥＶＡ的『宇宙戰鬥能力』是吧？
碇源堂：沒錯，ＥＶＡ是以『汎用兵器』的概念下去設計的，在宇宙中的戰鬥能力當然需要測試。
萬丈：原來如此。
碇源堂：（…………………）
碇源堂：你真正想問的………應該不是這個問題吧？
萬丈：真不愧是碇司令、那麼……我就開門見山的直說了。
萬丈：我認為－－ＥＶＡ其實是為了跟ＳＴＭＣ……也就是跟所謂的『宇宙怪獸』戰鬥而開發出來的。
碇源堂：（…………………）
萬丈：然後、目前你們正在進行的『人類補完計劃』………
碇源堂：（…………………）
萬丈：……其實是為了防範『宇宙怪獸大襲來』時所準備的『應對策略』……對吧？
碇源堂：（…………………）
萬丈：雖然人類目前所知道的宇宙怪獸種類、以及數量都還很少、但是宇宙怪獸跟過去曾經出現過的敵人是完全不同的………
萬丈：牠們沒有自我意志、只會全心全力的針對『智慧生命體』進行徹底消滅跟攻擊……
萬丈：彷彿……『消滅全宇宙的智慧生命體』就是牠們與生俱來的『目的』一樣……
碇源堂：（…………………）
萬丈：一旦宇宙怪獸大量出現、甚至隨著戰鬥而進化的話，就算是傑多拉迪軍或者エアロゲイター也絕對不是牠們的對手。
萬丈：而我猜想………『你們』是不是『打從一開始』就已經知道宇宙怪獸的『產生』、『性質』、『目的』、以及牠們即將給人類帶來的『巨大災厄』呢？
碇源堂：（…………………）
萬丈：正因為宇宙怪獸即將來襲、所以你們才會展開『人類補完計劃』以進行『因應』……
萬丈：我說的對不對呢？ 碇司令？
碇源堂：（…………………）
碇源堂：我沒有必要回答你這個問題。
萬丈：……………
碇源堂：看在破嵐創造博士的面子上……你這次的『非法侵入』我不予追究，現在立刻給我離開。
萬丈：……………（不悅）
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（第二新東京市．市區）
美里：我跟明日香、還有綾波會暫時留在Ｎｅｒｖ本部。
真嗣：是嗎…………
美里：真嗣……Ｎｅｒｖ……是不會讓你返回隆德貝爾隊的。
真嗣：我瞭解，因為我知道太多Ｎｅｒｖ的祕密……對吧？
美里：………沒錯。
真嗣：在我走之前………我想問最後一個問題………
美里：什麼問題呢？
真嗣：………為什麼ＥＶＡ３號機的駕駛員會是冬二？
美里：………………
美里：其實………『第四次選拔』的『候選者』………全部都是你班上的同學。
真嗣：！！！！
美里：我也是最近才知道的………這一切都經過事前的刻意安排………
美里：沒錯……就跟當初……被『設計』坐上ＳＲＸ機體的布里德一樣………
真嗣：………………
美里：我知道、冬二的事情是不管再怎麼道歉也無法獲得原諒的『錯誤』……
美里：我也知道………駕駛ＥＶＡ、冒著生命危險跟使徒戰鬥……這對你們而言是極為沉重的重擔………
美里：但是我們別無選擇……我們Ｎｅｒｖ只能把人類的未來託付在你們的身上了……
美里：至少這一點………希望你能夠理解。
真嗣：呵……真是冠冕堂皇的自私藉口啊………
美里：確實………總而言之，進入Ｎｅｒｖ本部的密碼、還有你的房間都還是跟以前一樣的，如果你想回來的話……………
真嗣：不、我再也不會回到這裡了。（憤怒）
美里：…………………
美里：（從好的方面來看，自從配屬到隆德貝爾隊之後……真嗣的個性確實是變得比較積極了一點……）
（就在此時、第二新東京市響起了警報聲）
美里：！！！！？？？？
真嗣：警報聲………是使徒嗎！？
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．指揮室）
青葉：全員進入第一種戰鬥配置！地對空迎擊戰準備！！
冬月：使徒現在在那裡？
青葉：外圍防衛線已經被突破，目標已經進入第二新東京市了！
冬月：什麼……！？
（Ｎｅｒｖ本部遭到使徒光束攻擊）
冬月：嗚哦！！？？
青葉：副、副司令………第１……到第１８層的裝甲板………全部被破壞了！！
日向：什………！？ 這怎麼可能！？ １８層的特殊裝甲板竟然一瞬間就被……！？
（美里進入指揮室）
日向：葛城三佐！！
美里：要讓ＥＶＡ在地表上迎擊使徒已經是不可能的了，快點把貳號機配置在地下都市之內吧！
美里：還有！把所有的防衛機制全部集中到本部設施，等到目標進入地下都市之後、就立刻讓明日香展開全力攻擊！
日向：了解！
美里：零號機的狀況如何？
瑪雅：已經配置在ＡＴ力場的中和地點了。
碇源堂：…………讓綾波駕駛初號機出擊。
美里：呃！？
碇源堂：初號機由綾波來駕駛、ＤＵＭＭＹ系統先暫時待命備用。
美里：………是。
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．初號機格納庫）
瑪雅：插入栓、插入！
綾波：…………………
律子：Ａ１０神經、接續開始！
（初號機發出警告訊號）
綾波：！！！！
綾波：果然……不行嗎？
瑪雅：脈衝逆流！ 初號機拒絕接受『神經接續』！
律子：這………怎麼可能會有這種事？ 沒有道理啊！？
冬月：碇……………
碇源堂：我知道…………是『她』在拒絕我………
註：碇源堂口中的『她』指的是當年被消失在初號機之內的『碇唯』。
碇源堂：起動中止、改用『ＤＵＭＭＹ系統』再起動。
碇源堂：還有、叫３號機駕駛員待命、必要的時候……ＥＶＡ３號機也要出擊。
律子：！！！！！
日向：連、連３號機也要！？
瑪雅：司、司令！不可以啊！３號機之前才剛被使徒侵入過、目前３號機的機體還沒有調查完畢呀！！
瑪雅：萬一……萬一３號機又被使徒侵入的話………
碇源堂：這點輪不到妳來擔心，立刻進行３號機的出擊準備。
美里：可是……駕駛員又該怎麼辦呢？
碇源堂：（………………………）
碇源堂：（………………………）
碇源堂：跟上次一樣，用『第４適格者』。至於綾波……讓她回到零號機出擊。
美里：！！！
美里：司、司令…………
綾波：沒有關係的、美里。
美里：綾波！！
綾波：就算我死了……也還是有『代替的』………
美里：！！？？
（使徒再度發動攻擊）
青葉：撐不住了！ 使徒只要再一擊就可以突破全部的裝甲了！！！
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
第４７話：男人之戰
（Ｎｅｒｖ本部．地下都市）
青葉：目標、已經侵入地下都市之內！！
美里：拜託妳了、明日香！！
（第１４使徒．力之天使『賽魯耶爾』出現）
明日香：終於來了………
美里：明日香、絕對不可以讓使徒侵入本部之內！
明日香：我知道啦！ 雖然真嗣已經不幹了，但是這樣正好！
明日香：像這種傢伙……我一個人對付就措措有餘了啦！
（第１４使徒衝向明日香）
明日香：！！！？？？
明日香：你、你這傢伙∼∼∼∼∼∼！！！！！！！
（第１４使徒一擊砍下了貳號機的頭部）
明日香：呃啊啊啊啊啊啊啊啊啊∼∼∼∼∼！！！！！！
美里：！！！！！！
美里：快切斷貳號機跟明日香之間的神經連結！快點！！
（在Ｎｅｒｖ本部外的真嗣目擊了貳號機被打倒的一幕）
真嗣：！！！！！！
真嗣：明日香…………！！
青葉：貳號機、嚴重受損！
美里：明日香的情況呢？
日向：明日香沒事、她還活著！
明日香：可………可惡………！
美里：快點回收貳號機！
（貳號機撤退）
美里：初號機的情況如何？
瑪雅：還是不行！ ＤＵＭＭＹ系統也被初號機拒絕了！
冬月：『她』……還是不願意接受嗎………？
碇源堂：ＥＶＡ３號機呢？
瑪雅：出擊準備已經完成了。
碇源堂（詭異的冷笑）：…………立刻出擊。
（ＥＶＡ３號機出擊）
美里：鈴原君…………
冬二：美里小姐、我知道………真嗣跟明日香他們一直幫了我很多忙………
冬二：所以……這次輪到我幫助真嗣他們了！！
真嗣：那個是……ＥＶＡ３號機！？ 莫非………是冬二在駕駛！？
（戰鬥再開）
（第３回合開始時）
真嗣：（再這樣下去的話……大家會………）
（破嵐萬丈碰巧在真嗣不遠處出現）
萬丈：嘖………就算現在呼叫隆德貝爾隊、看樣子也來不及增援了………
真嗣：萬、萬丈先生！！
萬丈：呃？ 真嗣？ 你怎麼會在這裡呢？ 你不是已經………
真嗣：我………我……………
萬丈：………………
萬丈：沒關係的………我明白………總而言之，你快點去避難吧！
真嗣：呃？
萬丈：我知道你為什麼要離開Ｎｅｒｖ、還有你不想再駕駛ＥＶＡ的理由。
真嗣：………………
萬丈：儘管如此，但你並不是要逃避、相反的，你是想回到隆德貝爾隊繼續跟我們一起戰鬥對吧？
真嗣：………………
萬丈：你能夠有這樣的心意，這樣就已經足夠了。真嗣……這段日子以來……你作的很好。
真嗣：………………
真嗣：我去避難………那萬丈先生你呢？
萬丈：我嗎？ 這個嘛………我這個人的個性是看不慣目前這種事態的啦………
真嗣：………………
萬丈：所以遇到這種情況的時候呢………我的作法還是跟以前一樣，就像這個樣子………
萬丈：泰坦∼∼Ｃｏｍｅ Ｈｅｒｅ！！
（萬丈駕駛泰坦３出擊）
青葉：司、司令！ 泰、泰坦３出現了！！
美里：這是怎麼回事？ 萬丈君是什麼時候來到Ｎｅｒｖ本部的！？
冬月：破嵐萬丈………果然很像他的作風啊………
萬丈：為了世界、為了世人、誓言粉碎邪惡的泰坦３！！ 如果你們不怕這日輪般的光輝的話，那就儘管放馬過來吧！
冬月：（破嵐萬丈所謂的『惡』………到底是指我們Ｎｅｒｖ呢……還是指使徒呢？）
真嗣：萬丈先生…………
真嗣：（可惡……難道我……真的要什麼事情都不作、然後靜靜站在這裡看大家戰鬥嗎！？）
真嗣：（我…………！！）
（真嗣跑回Ｎｅｒｖ本部）
（第４回合開始時）
青葉：司、司令！！ 有狀況！！
碇源堂：嗯？ 什麼情況？
青葉：地下都市內部探測到強力的重力震！ 而且有一股『境界領域』正在產生當中！
冬月：什、什麼！？
美里：重、重力震！？ 難道是………！？
青葉：異空間產生！ 有人要從異空間裡頭出來了！！
（英格蘭姆駕駛黑天使出現）
萬丈：！！！！！！！！
美里：那、那個是………！？
碇源堂：………是『他』……
冬月：………沒錯。
英格蘭姆：（………………………）
萬丈：英格蘭姆…………
英格蘭姆：好久不見了、破嵐萬丈。
萬丈：流星他們說的沒錯……你果然是エアロゲイター的成員………
英格蘭姆：………………
萬丈：不只如此……真是教人不敢相信……你駕駛的那台機動兵器……
英格蘭姆：真不愧是破嵐萬丈，果然好眼力………沒錯、這台『黑天使』是我集合了『瓦爾西翁系列』、『ＳＲＸ計劃』、魔裝機神……以及エアロゲイター最先端技術所開發出來的究極人型機動兵器。
萬丈：過去你之所以要接觸ＤＣ跟ＳＲＸ計劃………就是為了製造出那台『黑天使』嗎！？
英格蘭姆：不……我的目的並不止於此………
碇源堂：英格蘭姆．普林斯肯、你來這裡作什麼？
英格蘭姆：我是來『瞭解真相』的……………
碇源堂：…………………
萬丈：什麼意思？
英格蘭姆：據說……如果讓使徒接觸到埋藏在Ｎｅｒｖ本部地下的『亞當』的話………人類就會全部滅亡………
碇源堂：…………………（詭異的冷笑）
英格蘭姆：然後……有辦法打倒使徒……並且阻止人類滅亡的……就只有福音戰士而已……
美里：…………（驚訝）
英格蘭姆：我今天前來……就是要確認這兩件事情『到底是不是真的』。
碇源堂：…………………（詭異的冷笑）
英格蘭姆：簡單的說，我今天並無意與你們戰鬥。
萬丈：這些話……我可以相信嗎？
英格蘭姆：………信不信隨你。
碇源堂：…………………
萬丈：……………………
美里：一邊是使徒……一邊是黑天使………這就是所謂的『絕體絕命』嗎？
碇源堂：冬月……這邊……暫時交給你。
冬月：嗯。
（戰鬥再開）
（第４回合開始時）
律子：初號機還是不能起動嗎？
瑪雅：ＤＵＭＭＹ插入栓、拒絕！ 還是不行、完全沒有反應！！
（碇源堂進入格納庫）
碇源堂：繼續起動，從１０８的地方重新開始。
（碇真嗣進入格納庫）
真嗣：不用試了！讓我駕駛吧！
碇源堂：…………………
真嗣：讓我駕駛初號機吧！！
碇源堂：…………………
真嗣：……………………
碇源堂：…………………
真嗣：…………爸爸……
碇源堂：………你為什麼會在這裡？
真嗣：……………………
真嗣：因為我是………
真嗣：……我是！ 福音戰士初號機駕駛員、碇真嗣！！！
（真嗣駕駛初號機出擊）
美里：ＥＶＡ初號機！？
英格蘭姆：終於出現了………令人忌憚的存在……ＥＶＡ初號機………
萬丈：是真嗣君在駕駛嗎！？
（操縱真嗣攻擊使徒後、如果真嗣被第１４使徒打倒的話，此時遊戲會發生劇情）
真嗣：嗚、嗚啊啊啊…………
瑪雅：初號機、已經達到活動界限、無法再戰鬥了！
律子：連初號機的核心都被使徒的攻擊打到外露………！
真嗣：嗚、嗚嗚………………
真嗣：快動啊、快動啊！ 快動、快動、快動啊！
真嗣：初號機……如果你不動的話，那一切就完了呀！！
真嗣：快動、快動啊！ 快動、快動、快動、快動、快動、快動、快動、快動！ 可惡……拜託你……快點動啊！！！！
真嗣：大家會被殺死的！ 我不要大家死掉啊！！ 我求求你……快點動啊啊啊啊啊∼∼∼！！！！
（聽到真嗣的吶喊，一陣心臟的脈動聲響起、初號機再度起動了！）
真嗣：！！？？
美里：啊！？
律子：那、那個是……！？
瑪雅：ＥＶＡ初號機、再起動！！
英格蘭姆：開始了嗎………？
碇源堂：……………………………
瑪雅：這、這個數值是！？ 真是不敢相信……初號機的同步率……超過４００％了！！
律子：『她』……終於覺醒了………
（暴走的初號機不但一擊打倒了第１４使徒，而且初號機戰後還開始啃食使徒……）
萬丈：現……現在到底是什麼情況……！？
美里：初號機………在啃食使徒……！？
律子：初號機想利用『吃掉使徒』的方式來讓自己獲得『Ｓ２機關』嗎！？
瑪雅：嗚……嗚呃……噁噁噁……………
（吃掉使徒後，初號機身上的裝甲板全部爆開了）
律子：拘束具……爆開了………
日向：拘、拘束具？ 那些不是初號機的裝甲嗎！？
律子：不是的……外表看起來雖然是裝甲板，但是………那些東西其實是我們用來『壓制ＥＶＡ原本力量』的拘束具……
律子：然而……初號機卻用自己的力量解開了『束縛』………
律子：現在……我們已經沒有辦法再『約束』初號機了。
英格蘭姆：………那個就是ＥＶＡ初號機的『真面目』嗎？
英格蘭姆：哼………果然遠超過尤傑斯想像的『替代品』…………
（英格蘭姆離開）
加持：初號機的覺醒與解放………這下子ＳＥＥＬＥ可不會置之不理了。
（加持看向Ｎｅｒｖ本部）
加持：碇司令………這一切………也都在你的『劇本』跟『計劃』之內嗎？
冬月：碇………開始了。
碇源堂：沒錯………『所有的一切』………就從現在開始………（詭異的冷笑）
（打倒使徒之後，本關即告結束）
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（ＳＥＥＬＥ．祕密會議室）
聲音１：ＥＶＡ系列『不應該會有』的Ｓ２機關………
聲音２：想不到初號機竟然會以『那種方式』取得……
聲音３：這件事情完全不在我們的『劇本』之內，但是它發生了…………
聲音４：要修正回來……恐怕不容易啊………
聲音５：碇源堂……當初我們把Ｎｅｒｖ交給那個男人……會不會一開始就是個錯誤了？
基爾：話雖如此……但當初如果沒有碇源堂這個人的話……我們的『計劃』是不可能遂行到現在的……
基爾：碇………他到底在想什麼……？
聲音１：除此之外，現在連エアロゲイター也發現初號機的『真面目』了。
聲音２：不只……『他』想必也已經知道了。
聲音３：除了ＥＶＡ初號機之外，『需要忌憚的東西』又接二連三的增加。
聲音４：現在只能期望他跟修．白川一樣………繼續站在『旁觀者』的立場了………
基爾：『劇本』的失控是絕對不能允許的。總而言之，為了把『計劃』修正回正軌……看來我們得把『預定行程』之一提早進行了………
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．指揮室）
（警報聲大作）
瑪雅：還是不行……初號機完全不接受插入栓的射出信號………
律子：預備信號跟擬似信號呢？
瑪雅：都被拒絕了。
日向：插入栓之內的影像已經取得，我現在就轉到大螢幕上……
（日向把影像轉到大螢幕，但是插入栓裡頭卻只看見真嗣的戰鬥服……）
律子：！！！！！！！
瑪雅：啊啊……………
美里：這、這到底是怎麼回事啊？ 真嗣他根本就不在插入栓之內嘛！？
律子：這就是……同步率４００％的『真面目』………
美里：律子！ 真嗣他到底怎麼了！？
律子：真嗣……已經被ＥＶＡ初號機『吸收』了………
美里：什麼意思啊！？ 同步率４００％是什麼？ ＥＶＡ又到底是什麼！？ 妳倒是說啊！？ （憤怒）
律子：ＥＶＡ……是人類製造出來的『似人之物』……我只能這麼說………
美里：人類製造出來的……？ 製造是什麼意思啊？ 當年在南極撿到的『那個東西』、ＥＶＡ不就是『那個東西』的『複製品』而已嗎！？
註：美里口中的『那個東西』，指的是『第１使徒．亞當』。
美里：………現在是怎樣？ 現在妳是想跟我說………ＥＶＡ其實是『原創品』、而不是『複製品』嗎！？ （憤怒）
律子：ＥＶＡ並不是單純的『複製品』………它其實是有『人類的意志』在裡頭的……
美里：『人類的意志』！？ 誰的意志啊？ （憤怒）
律子：可能是ＥＶＡ的…………
美里：！！！！！！！
（憤怒的美里聞言立刻甩了律子一巴掌）
律子：…………………
美里：什麼叫『可能』啊？ 東西是妳作的耶！ 我拜託妳快點想想辦法好不好！！！ 妳給我負起責任好不好！！！！ （憤怒）
律子：…………………
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．貳號機格納庫）
明日香：………………
明日香：我……我竟然………竟然什麼也作不到………
明日香：到頭來……使徒還是要靠真嗣………
（破嵐萬丈進入格納庫）
明日香：啊？ 加持先生………！？
萬丈：抱歉、我不是妳『期待看見』的那個人………
明日香：是萬丈先生啊…………
萬丈：嗯？ 怎麼了嗎？
明日香：…………沒事。
萬丈：妳在擔心真嗣嗎？
明日香：！！！！
明日香：我、我才沒有咧！！
明日香：我只是在想……剛才要是我有辦法打倒使徒的話……真嗣他就不會………
萬丈：…………………
萬丈：總而言之，現在我們只能『等待』了。
明日香：………………
萬丈：然後、我們也要相信……相信真嗣一定會平安回來。
明日香：哼！那個白痴回不回來都無所謂啦！！！
（明日香離開格納庫）
萬丈：呵……真是不誠實的少女啊………
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．初號機格納庫）
美里：真嗣君的救援計劃？
律子：沒錯，現在真嗣君的『生命構成物質』應該是還留在插入栓之內的。
瑪雅：根據我們的推斷，真嗣君的肉體可能是因為『自我境界線』的落失、結果導致真嗣君的肉體以『量子形態』漂浮在插入栓裡頭………
美里：妳的意思是說……現在的真嗣已經變成『常人肉眼所無法看見』的形態囉？
瑪雅：是的，如今插入栓裡頭的ＬＣＬ成分已經產生了化學變化、在形質上十分酷似原始地球的海水。
美里：生命之湯……嗎？
律子：總而言之，『可以構成真嗣君』的所有物質………包括真嗣君的『靈魂』在內，目前都完整的保留著。
律子：現在我們只要想辦法讓真嗣君的自我意識固定到一定程度之上，這樣子應該就有辦法讓真嗣再次『定型』了。
瑪雅：而本次救援計劃的最主要目的……一是要再次構成真嗣君的肉體、二是要讓真嗣君的『精神』再度定著在『肉體』之上。
美里：聽起來真是玄啊………這個計劃真的有辦法作到嗎！？
律子：如果有ＭＡＧＩ系統的支援、還有Ｔ－ＬＩＮＫ系統的協助的話………有一試的價值。
美里：妳要用ＳＲＸ計劃的Ｔ－ＬＩＮＫ系統？
律子：是的，我打算用極東支部的『預備型Ｔ－ＬＩＮＫ系統』來呼喚真嗣君的靈魂………然後再利用Ｔ－ＬＩＮＫ系統使用者的『念動力』來重新構成真嗣君的肉體。
美里：那麼………Ｔ－ＬＩＮＫ系統的使用者……你打算找誰呢？
律子：…………………
律子：到時候妳就知道了…………
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（真嗣的自我意識空間）
真嗣：（………………）
真嗣：怎麼回事……？ 我………不在了………
真嗣：這個是……外面的景象？ 我不知道………但是……這是很討厭的景象………
真嗣：我想起來了………是敵人！！
真嗣：敵人、敵人、敵人………被稱為『使徒』、被冠上天使之名的……我們的敵人……ＥＶＡ的敵人……Ｎｅｒｖ的敵人………
真嗣：為什麼……我………一定要戰鬥呢？
明日香：為什麼？ 你是白痴嗎？ 人家可是不分青紅皂白就打過來的傢伙耶、在對方造成傷害之前就打倒不是理所當然的嗎！？
真嗣：難道就沒有其他的理由嗎？ 難道我連想個理由都不行嗎……？
真嗣：敵人、敵人、敵人………威脅到大家、我、還有我們的東西………エアロゲイター、傑多拉迪軍、宇宙怪獸………
真嗣：總而言之，都是敵人。沒錯……自己保護自己的性命……自己保護我們的性命……這樣到底有什麼不對？
真嗣：如果不跟他們戰鬥的話，大家都會死的……敵人、敵人、敵人………我的敵人………
真嗣：我的敵人！！！！！！
碇源堂：（……………………）
真嗣：！！！！！！！！
真嗣：可惡！可惡！都是你！都是因為你！你竟然讓冬二坐上３號機、你竟然殺死了媽媽！！
綾波：為什麼、你這麼討厭自己的父親？
真嗣：那還用說嗎？ 因為他是那種混帳父親啊！！
綾波：你不瞭解自己的父親嗎？
真嗣：那還用說嗎？ 我跟他幾乎沒有見過面啊………
綾波：因為這樣、所以你就討厭父親嗎？ 為什麼不試著瞭解自己的父親呢？
真嗣：…………………
真嗣：我現在…………已經瞭解了。
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．指揮室）
瑪雅：全探查針、打入完畢！！
日向：Ｔ－ＬＩＮＫ系統、最終接續完成、沒有問題。
瑪雅：自我境界脈衝、接續完畢！
律子：很好、救援行動、開始！！
日向：Ｔ－ＬＩＮＫ系統、運作確認。連結係數、上升。第一念動信號、傳送。
青葉：ＥＶＡ初號機接受信號了，沒有拒絕反應。
瑪雅：第２、第３念動信號、傳送開始。
美里：（………真嗣……）
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（真嗣的自我意識空間）
真嗣：（………………）
真嗣：溫柔……溫暖……這種感覺……就是人類的溫情嗎？ 這種感覺……我從來沒有感受過……
綾波：……『寂寞』是什麼？
真嗣：我以前從來不知道……但是我現在好像知道了………
綾波：……『幸福』是什麼？
真嗣：我以前從來不知道……但是我現在好像知道了………
綾波：……你希望別人給你溫暖、給你溫柔嗎？
真嗣：……嗯。
綾波：為什麼？
真嗣：因為我是ＥＶＡ的駕駛員……因為我駕駛ＥＶＡ很辛苦啊………
真嗣：可是……駕駛ＥＶＡ偏偏又是支持我的一切……所以……我必須要駕駛ＥＶＡ才可以……
綾波：駕駛ＥＶＡ之後又如何？
真嗣：駕駛ＥＶＡ之後……要跟敵人………對、要跟『大家口中的敵人』戰鬥………
綾波：戰鬥之後又如何？
真嗣：戰鬥之後還非贏不可……對、戰鬥是絕對不能輸的………
真嗣：我必須照大家講的去作！ 我必須照大家講的去駕駛ＥＶＡ！ 我必須照大家講的去打勝仗！
真嗣：如果我作不到的話……我就……我就………這個世界上就不會有人需要我了！！
真嗣：我都已經照大家講的去作了………
真嗣：我都已經強忍著『害怕初號機』的恐懼感去戰鬥了………
真嗣：可是爸爸他還是不認同我、這個世界上還是沒有人瞭解我！
真嗣：求求你們……誰都可以……
真嗣：………求求你們對我溫柔一點啊！！！
甲兒：哇靠、真嗣，這麼丟臉的話我實在是聽不下去了！
真嗣：！！！？？？
甲兒：我說你啊………到底是那個王八蛋說『這個世界上沒有人需要你』的呀？
真嗣：甲兒………先生！？
龍馬：甲兒說的沒錯、你可是我們隆德貝爾隊的重要同伴哦！
真嗣：（…………………）
忍：就是說啊，所以囉……是男子漢的話，就不要自己一個人躲在角落扭扭捏捏的煩惱了。
法子：有煩惱的話……就用『努力』跟『根性』一口氣超越它吧！！
真嗣：（…………………）
艾蕾：是的………每個人的心中都有煩惱…………
真嗣：（…………………）
艾蕾：但是正因為如此，所以我們才更應該彼此幫助、彼此扶持………
真嗣：（…………………）
艾蕾：真嗣君、我們需要你。
艾蕾：是的……我們需要的是『你』……而不是『ＥＶＡ初號機的駕駛員』。
真嗣：（…………………）
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．指揮室）
（警報聲大作）
瑪雅：不行！自我境界線已經固定在曲線值之上了！
律子：我們發出的念動信號都被『Ｋｌｅｉｎ空間』（高維空間）攔截住了………
瑪雅：插入栓之內的『念』開始逆流！！
律子：把Ｔ－ＬＩＮＫ系統的連結係數提升到第４級！！
日向：律子博士、不可以啊！要是再繼續進行『精神連結』的話，流星少尉會撐不住的！
青葉：綾上尉跟艾蕾公主也到極限了、再這樣下去……Ｔ－ＬＩＮＫ系統的保險閥就要跳掉了！
美里：現、現在是什麼情況啊……！？
律子：美里……你要有『可能會失敗』的心理準備………
美里：呃！？
律子：干涉行動中止！先以『維持現狀』為優先、快點阻止『念』的逆流！！
瑪雅：是！！
瑪雅：正０﹒５……正０﹒８………奇怪…？ 擋、擋不住！？ 學姐、連『維持現狀』都沒辦法了！
律子：怎、怎麼會這樣………？ 難道是真嗣他………他『不想回來』嗎！？
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（真嗣的自我意識空間）
真嗣：………我不知道………
真嗣：我………我……………
流星：不知道………其實也沒有關係啦………
流星：人生嘛……本來就是這個樣子的。真正重要的是………不要把自己鎖在象牙塔裡頭……這樣是什麼也作不到的。
真嗣：……流星先生！？
綾：現在……有人正在擔心你……有人正在等著你回去………
真嗣：…………………………
阿姆羅：真嗣……你不是自己孤單一個人……你是有地方可以歸屬的………
真嗣：我的……歸屬地方………？
阿姆羅：沒錯，大家……正在『那個地方』等你………
真嗣：大家……在等我……？
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．指揮室）
（警報聲大作）
瑪雅：ＥＶＡ初號機、開始拒絕信號了！！！
青葉：插入栓之內的ＬＣＬ正在進行『自我分解』！！
日向：插入栓、壓力上升！！
律子：停止一切作業、快點把電源關掉！！！
瑪雅：還是不行！ 初號機………初號機開始把ＬＣＬ………！！！
日向：ＬＣＬ……開始從插入栓之內噴出了！！！
美里：真、真嗣！！！！！
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（真嗣的自我意識空間）
真嗣：……可是、我已經決定……不再駕駛ＥＶＡ了……
阿姆羅：儘管如此、但你仍然以『自己的意志』駕駛了初號機……
真嗣：！！！
阿姆羅：正因為你駕駛了ＥＶＡ初號機、所以你才會跟隆德貝爾隊……跟我們相遇。
阿姆羅：至於今後應該怎麼作……這個不是由別人決定的，只有你自己才能夠決定該怎麼作。
真嗣：……我…………
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．初號機格納庫）
（初號機插入栓的ＬＣＬ已經全部排出）
美里：嗚、嗚嗚嗚…………
美里：連一個人………連區區一個人都救不了……這算是那門子的科學啊！！！！
阿姆羅：葛城三佐…………
甲兒：………………………
艾蕾：………………………
流星：………………………
律子：………………………
美里：把真嗣還給我………把真嗣還給我∼∼∼！！！！！！！！
律子：………………………
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（真嗣的自我意識空間）
真嗣：味道……人的味道……？ 是美里嗎……？ 還是綾波……？
真嗣：不對……這是……媽媽！？
小真嗣：………………
真嗣：那個是……我？
碇源堂：在『第二次衝擊』發生之後的世界出生嗎……？ 這個孩子……偏偏選了一個『即將面臨滅亡』的世界啊………
碇唯：哎呀，你怎麼這麼說呢？ 只要活著，不管在那裡都是『天堂』唷。
碇唯：因為只要活著……就有獲得幸福的機會嘛。
碇源堂：是啊……妳說的也對。（笑）
小真嗣：媽……媽………
碇唯：………決定好了嗎？
碇源堂：早就想好了，男的就叫真嗣、女的就叫玲。
碇唯：真嗣……玲………
真嗣：媽媽………………
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．初號機格納庫）
美里：嗚嗚……嗚嗚嗚…………
（就在此時，真嗣突然從初號機的核心之內出現）
美里：！！！？？？
甲兒：啊！？ 那、那個是……！？
龍馬：！？
美里：真……真嗣！？
律子：從……從初號機的核心排出！？ 怎、怎麼可能會有這種事！？
美里：真嗣！！！！
（美里衝上前抱住真嗣）
真嗣：……………………
真嗣：美……里……姊？
甲兒：真嗣！！！
真嗣：甲兒先生………
甲兒：你、你這傢伙！ 你知道我們有多擔心你嗎！？
艾蕾：太好了…………
真嗣：謝謝各位………大家……一直在呼喚我………對吧？
阿姆羅：沒錯，我們大家都在叫你回來唷。（笑）
法子：歡迎回來、真嗣君。（笑）
真嗣：…………………
真嗣：各位………我回來了。（笑）
＝＝＝＝＝＝換幕＝＝＝＝＝＝＝
（Ｎｅｒｖ本部．司令室）
阿姆羅：司令的意思是………等ＥＶＡ各機修理完畢之後，Ｎｅｒｖ就要讓真嗣他們回到隆德貝爾隊隊上嗎？
碇源堂：沒錯。
（經過真嗣消失的事件之後，眾人對於碇源堂的不悅跟不信任感也達到了頂點）
阿姆羅：………………………
布萊特：………………………
萬丈：…………………………
萬丈：碇司令，你想用這種方式來轉移ＳＥＥＬＥ的注意力、然後讓ＳＥＥＬＥ把矛頭指向我們嗎？
碇源堂：我沒有必要回答你這個問題。
阿姆羅：………………………
萬丈：既然碇司令的回答永遠都是這句話，看來我們之間也沒有繼續交談的必要了。
碇源堂：沒錯。
阿姆羅：也罷……那麼……我們要返回極東支部了。
（眾人轉身準備離開）
碇源堂：………………………
碇源堂：………阿姆羅上尉。
阿姆羅：………還有什麼事嗎？
碇源堂：救援真嗣一事……各位辛苦了，我在此向各位致謝。
阿姆羅：………………………
阿姆羅：碇司令不用客氣，這是我們應該作的。
萬丈：…………………………
萬丈：（碇司令竟然會向別人道謝…………）
萬丈：（呵………這可真是稀奇啊…………）
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝本關結束＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝